تخم مرغ از کلواک مرغ های تخمگذار تولید می شود و میکروارگانیسم های روده به سطح آن چسبیده و تعداد زیادی از باکتری های بیماری زا در محیط های آلوده آلوده می شوند. بررسیهای نمونه نشان داد که 10 درصد تخمها دارای سالمونلا در سطح بودند و 64 درصد E. coli روی سطح تخمها به طور جدی از حد استاندارد فراتر رفتند.
میکروارگانیسم ها و باکتری های بیماری زا روی سطح تخم مرغ از طریق منافذ بی شمار روی پوسته تخم مرغ وارد تخم می شوند و به مقدار زیادی تکثیر می شوند و کیفیت تخم مرغ را به طور جدی تحت تاثیر قرار می دهند و به خورنده آسیب می رسانند. تنها راه جلوگیری از آلودگی تخم مرغ، تمیز کردن و ضدعفونی سریع پس از تولید تخم مرغ، کشتن باکتری های مضر، حذف آلودگی های آنها و از بین بردن کامل انواع میکروب ها و مواد مضری است که در فرآیند تولید طیور اجتناب ناپذیر هستند.